Pascal BARBRY,
CNRS DRCE, Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) VALBONNE
3IA chair "Artificial Intelligence for Computational Biology"
Pascal BARBRY
4D-omics" vise à structurer la composante biologique du Data Center Sud, le nouveau centre régional de données organisé au sein de la région administrative Sud (zone géographique de Marseille à Nice).
4D-omics rassemblera les équipements et ressources nécessaires à la réalisation de programmes à fort impact qui nécessitent un stockage massif de données et des calculs performants. L'infrastructure résultante stockera des données biologiques, modélisera des organismes vivants pertinents et intégrera les impacts des changements moléculaires et subcellulaires dans les systèmes biologiques normaux ou pathologiques. Nous traitons les données tout au long de leur cycle de vie, de l'acquisition et du stockage au traitement et à l'analyse, y compris une compatibilité pour la réanalyse, respectant ainsi toutes les exigences de la science des données ouvertes FAIR. En tant que telle, notre approche soutient également la notion de diffusion des données au sein de la communauté scientifique. Compte tenu de la relative imprévisibilité des percées scientifiques, l'infrastructure est construite sur une base large, capable de soutenir une grande variété de projets à fort impact. Notre projet scientifique vise à décrypter à différentes échelles les mécanismes fondamentaux qui animent les organismes vivants (des molécules aux organismes considérés dans leur environnement complexe), afin de mieux comprendre les fonctions biologiques, adaptatives et physiologiques, ainsi que les situations pathologiques.
4D-omics rassemble des communautés de recherche locales très actives en biologie et en science des données, travaillant toutes dans des institutions et des laboratoires de premier plan. Elles représentent collectivement le deuxième pôle scientifique de France, distingué par de nombreuses adhésions à l'Académie des sciences, trois médailles d'or du CNRS, et 4 Grands Prix Inserm. Notre région a également une reconnaissance de longue date en matière d'intelligence artificielle (IA), comme l'illustre la naissance du langage Prolog dans le groupe de Colmerauer (Marseille, 1972) et l'importance de la technopole de Sophia Antipolis dans le domaine des technologies de l'information. L'activité régionale est maintenue par une communauté dynamique d'experts de renommée internationale dans les domaines des omiques, de l'évolution, de l'imagerie, de la théorie de l'apprentissage automatique et des modèles d'apprentissage profond. Ce dynamisme est bien illustré par la création en 2019 à Nice-Sophia Antipolis de l'un des quatre "Instituts interdisciplinaires d'intelligence artificielle" français, dont la biologie computationnelle est l'un des axes majeurs de recherche, et à Marseille de l'Institut Archimède, qui développe des objectifs similaires.
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4D-omics is aimed at structuring the biological component of Data Center Sud, the newly established regional data center organized within the administrative Sud region (Marseille to Nice geographical area).
4D-omics will gather the necessary equipment and resources to perform high-impact programs that necessitate massive data storage and high-performance calculation. The resulting infrastructure will store biological data, will model relevant living organisms and will integrate the impacts of molecular and subcellular changes in normal or pathological biological systems. We address data throughout its entire life cycle, from acquisition and storage, to processing, and analysis, including a compatibility for re-analysis, thus following all requirements for FAIR open data science. As such, our approach also supports the notion of data diffusion throughout the scientific community. Considering the relative unpredictability of scientific breakthroughs, the infrastructure is built on a broad basis, able to support a large variety of high-impact projects. Our scientific project deciphers at different scales the fundamental mechanisms that drive living organisms (from molecules to organisms considered in their complex environment), in order to better understand biological, adaptive and physiological functions, as well as pathological situations.
4D-omics puts together very active local research communities in biology and data science, all working in leading institutions and laboratories. They collectively represent the second largest scientific cluster in France, distinguished by many memberships to the French Academy of Sciences, three Gold Medals of CNRS, and 4 Grand Prix Inserm. Our region has also a longstanding recognition in artificial intelligence (AI), as illustrated by the birth of the Prolog language in Colmerauer’s group (Marseille, 1972) and by the importance of the Sophia Antipolis technological park in the field of information technologies. The regional activity is maintained by a vibrant community of internationally-recognized experts in omics, evolution, imaging, machine-learning theory, and deep learning models. This dynamism is well illustrated by the creation in 2019 in Nice-Sophia Antipolis of one of the four French "Interdisciplinary Institutes of Artificial Intelligence", with Computational Biology as one major research axes, and in Marseille of the Archimede Institute, which develops similar aims."
